本系於2001年設立。設立宗旨為「培養政治經濟學教學研究及政府與民間部門所需之領導與幕僚人才」。

        有鑒於台灣之國家社會長遠發展長期受全球政治經濟情勢之影響，國立中山大學社會科學院於2001年設立『政治經濟系』。盱衡國內外情勢，我們已見證民主化、全球化、永續發展等普世潮流對台灣政經組織與制度構成強烈衝擊。因此，我們需要『以政經思維開啟全球視野，為台灣發展樹立永續格局』。在新世紀的競爭環境之中，新世代學子實須具備豐富的政治與經濟知識、了解政治與經濟之交互影響作用、並具有管理政經事務與引導組織制度健全發展之能力，方能勝任新時代之挑戰，開創個人生涯與台灣社會發展之恢弘格局。

       中山大學首開全國風氣，創建政治經濟學系，以為台灣培養熟稔政經運作原理與世界政經脈動、具備寬廣全球視野與優質民主品格之優秀人才。